Pro zálohování lze použít např. rsync. 
Všechny potřebné informace lze nalézt v man rsync.
Zde je příklad použití s crond:

#!/bin/bash

rsync -r -v -o -g --delete --exclude 'schranky' /home/ /mnt/removable/home/

Příkaz zálohuje partišnu home na vyjímatelný disk připojovaný jako/mnt/removable.
Zachovává přitom práva, nezálohuje adresář „schránky“, maže staré soubory, které již v
/home nejsou.

Podrobnosti v man rsync 😉 (RTM!)